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É possível usar o EF Core e o EF6 no mesmo aplicativo ou biblioteca instalando os dois pacotes NuGet.
Alguns tipos têm os mesmos nomes no EF Core e no EF6, e diferem apenas pelo namespace, o que pode complicar o uso do EF Core e do EF6 no mesmo arquivo de código. A ambiguidade pode ser removida facilmente usando diretivas de alias de namespace. Por exemplo:
using Microsoft.EntityFrameworkCore; // use DbContext for EF Core
using EF6 = System.Data.Entity; // use EF6.DbContext for the EF6 version
Se você estiver realizando a portabilidade de um aplicativo existente que tenha vários modelos do EF, escolha seletivamente a portabilidade de alguns deles para o EF Core, e continue a usar o EF6 para os outros.