BizTalk Server 包含對 64 位應用程式的支援。 這表示您可以將 64 位成品新增至 BizTalk 應用程式，方式與 32 位成品相同;不過，在32位電腦上安裝下列64位成品時，可能會遇到下列問題：
執行 64 位工作進程的 Web 伺服器的虛擬目錄。 虛擬目錄將會安裝在32位電腦上，但可能無法正常運作。 將會記錄不匹配的情況。
未受管理的 COM 或 Managed COM+ 元件標示為 64 位。 這些元件不會安裝在32位電腦上。
儲存為 .exe 檔案的 64 位腳本。 這種類型的腳本可能無法正常運作。