主機整合伺服器用戶端電腦可以透過許多不同的局域網路 API 或網路傳輸進行通訊：Microsoft 網路功能（命名管道），或 TCP/IP（套接字）。 網路軟體和主機整合伺服器軟體必須正確安裝在用戶端和伺服器上，才能正確處理不同的通訊協定。 正確的安裝可確保通訊的兩個重要層面：
主機 Integration Server 電腦和客戶端電腦在 LAN 上可互相看見。 結果出現於所有受影響的計算機上正確安裝網路軟體之後。
主機整合伺服器電腦會透過正確的 LAN 協定與客戶端進行通訊。 用戶端將通訊引導至正確的子域名稱，或針對使用 Microsoft Networking 的「Named Pipes」或 TCP/IP 的用戶端，引導至正確伺服器名稱。
TCP/IP 是用戶端/伺服器應用程式的標準網路協定。 其高效能和路由能力使其適用於許多廣域網（WAN）環境。 在許多情況下，TCP/IP 會是網路的最佳通訊協定選擇，特別是當 TCP/IP 已部署至主機整合伺服器電腦和用戶端所在的 LAN 區段中時。