在主機整合伺服器電腦上控制安全性的其中一個金鑰是組態檔。 若要維護此檔案的良好安全性，請務必在 NTFS (NT 檔案系統) 磁碟分割上安裝主機整合伺服器伺服器軟體。 使用 NTFS，您可以依檔案指派許可權。 使用 FAT (檔案配置資料表) 檔案系統或 HPFS (高效能檔案系統) ，則不可能這樣做。 在 NTFS 磁碟分割上安裝主機整合伺服器軟體對於主伺服器特別重要，因為這部電腦包含子域中所有主機整合伺服器電腦所使用的組態檔主要複本。
如果您必須在非 NTFS 磁碟分割上安裝主機整合伺服器，您可以限制使用者透過主機整合伺服器 SNA 管理員檢視或變更主機 Integration Server 設定檔的能力，但您將無法設定組態檔本身的檔案許可權。
此外，如果您選擇在 FAT 或 HPFS 磁碟分割上安裝一或多部伺服器的軟體，您可以在共用上設定適當的讀取和變更許可權，讓伺服器能夠存取組態檔。 (這不需要安裝在 NTFS 磁碟分割上的主機整合伺服器軟體，因為透過主機整合伺服器 SNA 管理員建立的檔案許可權會比控制 share.) 建立的設定檔更嚴格控制